22 июня 1941 года, после вероломного нападения фашистской Германии на Советский Союз, началась Великая Отечественная война. Как и вся страна, Реутов перешел на военный уклад жизни. Руководство всеми работами в городе взял на себя председатель городского Совета Сергей Кузьмич Галкин.

После выхода Указа Президиума Верховного Совета СССР «О мобилизации военнообязанных», начиная с 23 июня 1941 года, в первые месяцы войны на защиту Родины из г. Реутова ушло более 1200 человек. Также с 23 июня началась мобилизация и перевод промышленных предприятий на выпуск военной продукции, перестройка на военный лад работы транспорта и сельского хозяйства. На предприятиях и военных базах, находящихся на территории Реутова, выполнялись военные заказы.

По решению Исполнительного комитета Московского областного Совета депутатов трудящихся №2316 «с» от 29 октября 1941 года началась мобилизация населения на строительство оборонительных рубежей вокруг Москвы. В Реутове был сформирован отряд (в основном состоявший из женщин с прядильной фабрики) в количестве 700 человек.

На случай захвата Реутова фашистами, в городе был сформирован рабочий отряд по уничтожению танков и партизанский отряд. Командиром отряда был назначен директор Реутовской прядильной фабрики А.Я. Нижнёв.

Партизанская база для приема отряда была подготовлена в районе Мазуринских озер (деревня Горенки, ныне г. Балашиха). На базу были заложены оружие, боеприпасы, продукты, медикаменты и др.

В городе создали службу местной противовоздушной обороны. Для защиты населения сооружено 700 бомбоубежищ, вырыто и заполнено водой 10 водоемов.

На случай захвата Реутова немцами, хлопкопрядильная фабрика была заминирована. При подходе фашистов к Москве было принято решение об эвакуации фабрики в Казахстан.

В восточной части села Ивановское на территории города Реутова для отражения воздушных налетов фашистской авиации на Москву с восточного направления был развернут штаб 250-го зенитно-артиллерийского полка, который входил в состав 1-го корпуса Московской зоны противовоздушной обороны. Командир полка полковник Н.С. Никифоров.

В 1943 году на базе 250-го зенитно-артиллерийского полка сформирована 52-я Зенитно-артиллерийская дивизия. В нее вошли три полка.

В соответствии с письмом Главвоенсанпура Красной Армии от 25 декабря 1941 года №0151 и решением Исполкома Мособлсовета, в г. Реутове были развернуты два военных эвакогоспиталя №2884 (1942 г.) и №4458 (1944 г.).

В 1944-1945 году на базе военного госпиталя №2884 в бывшем здании Райисполкома (сейчас – ул. Ленина, д. 25) была организована протезно-сборочная мастерская, а затем – Протезно-ортопедический завод. Ныне – «Реутовский экспериментальный завод средств протезирования».

Всего за годы Великой Отечественной ушли на фронт более 5000 реутовчан. В боях за Родину погибло и пропало без вести около тысячи жителей Реутова.

В честь погибших и пропавших без вести воинов-реутовцев в городе сооружен мемориал Славы «Реутовцам, погибшим за Отечество» и открыта аллея Героев.